卵巢囊肿和巧克力囊肿区别在于症状不同。

1.卵巢囊肿：其症状主要表现为下腹部有坠胀感，隐隐作痛，伴腰骶部疼痛及性交疼痛，当囊肿破裂、蒂扭转时还可引起急腹症。卵巢囊肿可能是由于不排卵形成的单纯性囊肿或者排卵后形成的黄体囊肿，也有些是由于外部环境，如环境污染、吸烟等对女性生殖系统造成毒反应引起的。

2.巧克力囊肿：其症状主要表现为盆腔疼痛、月经量增多、淋漓不尽、不孕等。囊肿破裂时可出现剧烈腹痛，需及时就医。主要是由于遗传因素与免疫因素引起的。

若有以上症状者需及时就医做相关检查，避免自行用药，日常保持健康生活习惯，放松心情。